В общем, отвечаю сам себе и всем, кто еще не разобрался.
Оказалось, все просто: в Android Studio есть редактор тем приложения. Кликаешь на папке ресурсов Styles и видишь подсказку Open Editor - вот и все. Нужно выбрать тему типа Theme.Translucent.NoTitleBar.Fullscreen, а для страховки я еще перебдел и все цвета этой темы вручную поменял на #00000000 - собственно, первый байт должен быть нулевым (нулевой альфа-канал, т.е. прозрачно на 100%), а остальные все равно.
После этого приложение на кране не появляется (пока что проверил в эмуляторе), а все прочее работает, как и задумывалось.
Ранее данные советы были не совсем неподходящими, но воспользоваться ими не удалось (это касательно ссылок на StackOverflow) - или у меня руки кривые, или новые SDK уже так просто не поддаются. В общем, я вручную манифест не смог изменить так, чтобы получить полностью невидимую главную активити.
Всем спасибо.
