Виктор Таран

sublime - уже давно популярней notepad ++
phpstorm - для сложного кода
Теперь про FTP я бы на вашем месте задумался зачем вам вообще хоть какая-то утилита для редактирования
Ведь linux может с легкостью монтировать FTP как локальное устройство
А монтировать умеет любой местный навигатор , есть ли смысл при этом использовать плагины и тд ересь? когда вы можите просто работать локально. При том все это уже в дружелюбном GUI

php.net/manual/ru/function.exec.php

vi /etc/fstab

post_max_size
max_file_uploads
upload_max_filesize

ищется в гугле за 3 секунды
Если не получается то
phpinfo в студию
ну и логи

ISPConfig - если вы умеете делать 100% его функционала руками, значит вы не менеджер а как миниум очень и очень нехилый линукс администратор.
Чем он может быть полезен опытному пользователю
1. исключение человеческого фактора в кон фигах.
2. Ускорение работы, как бы вы быстро их не писали а кнопочку нажать быстрей.
3. При нескольких стоянях сайтов возникают разные требования которые должны выполнять как клиенты, так и менеджеры и тд и пт, посколкьу не все же вам делать.
4. Заменяемость вас, пока вас нет ( отпуск болезнь) люли могут делать все сами.
5. Наличие какого-никакого стандарта и АПИ.

Когда 3-5 сайтов может админка и не нужна.
Но когда их сотни то да она действительно нужна, или когда их нужно постоянно добавлять убавлять, работаь с записями ДНС, почтой фильтрами тд. Все же админка генерет достаточно много конфигов, и смысла писать их тупо нет.
6. Если же у вас есть знание и лишнее время ( а писать конфиги руками это оно и есть) и есть четкое понимание работы линукс.
ТО потратить их лучше на развитие самого проекта, дабы стать разрабом легко, а не тратиь свое время просто на самолюбование своей крутость.
Знаниями нужно делиться, дабы в панели есть че докрутить и доделать

Все очень просто.
1. Вы монтирутете себе на linux виндовую папку /var/www
Собственно и все

2 вариант используете openserver на винде ( если вы в линуксе плаваете то оно само то) https://ospanel.io/ для разработки тут инструментария за глаза, да и как полноценный веб сервер можно юзать.

3. Права на файлы, тут я вам дам пищу для размышлений
права это не644 а644 www-data: www:date или что-то вроде того ( там их на самом деле еще больше)
Не забывайте что
1группа отвечает за права админа
6--
2 групаа отвечает за права доверительных пользователей ( вошедщих в группу)
-4-
3 все остальные
--4
Следоватлеьно у вас и нет прав, посколку ваш юзен не вклчючен в группу www-data ( от которого работает апач) или от какого у вас там работает веб сервер. ( в текущей конфигурации это тоже не поможет посколкьу у доверительной группы тоже 4, а вот если было бы 774 то сработало бы ;)
Следоватлеьно что вам нужно сделать
chown -R www-data:www-data /var/www/site.ru/
В таком случае владелец будет веб сервер и попадать он будет в первую группу где у вас 6 а не 4
Ну или от обратного поменять юзера для апача на вашего.

вот еще для наглядности