Виктор Таран

вам просто нужно было поменять DocumentRoot до сайта и все

iotop -oka

mailq
postsuer -d ALL

не нужно монтировать, этого может требовать политика безопасности на сервере
а вот удаленно вполне себе можно, по сути все тоже самое .
на кроне от рута монтируете получаете значения удаляете отмонтируете,
Поскольку монтировтаь нужно в RW то естественно обычным юзерам права обрезаете. и все
Вам могут понадобиться
find -type f
удалить самый старый файл
rm -rf $(ls /var/backup/site | head -1)
Если боитесь сразу выполнять, попробуйте что выдаст Вам команда
ls /var/backup/site | head -1

так же я бы оптимизировал ваш файл, и добавил бы в него не жестко базу данных а show databases в цикле и в таком случае новые бд будут попадать в скрипт автоматически, но это го в задаче небыло, просто комент.

легко сказать
поскольку в вас manual
эта хрень у вас поставилась с апачем, на некоторых серверах такое встречал, как правило это ubuntu
заходите в /etc/apache2
находите там файлик в котором упоминается папка manual, удаляете его нахрен
рестартуете апачь ;) он работает так же как phpmyadmin, при дописывание к любому домену.
видать по мнению разработчиков апача кому-то может понадобится ман апача на его сайте.

в линуксе впн прекрасно работает все там есть и GUI и не GUI

все что там указаны
https://support.google.com/a/answer/140034?hl=ru

1. https://vestacp.com/ -ставится одним запуском скрипта
2 .https://www.ispconfig.org/ -cтавится ручками но мне больше нравится.
3. https://www.1c-bitrix.ru/products/vmbitrix/ - ставится запуском, имеет консольное меню, но уже оптимизировано для скорости сайта ( нужно будет только mbstring поменять на 0)
4. https://brainycp.com/ - оч богатый функционал и даже работает, но не сильно юзерфнендли и проприетарный, хоть и бесплатный.

$TTL        3600
@       IN      SOA     ns1.ks05.ru. viktor.7877796.ru. (
                        2019011401       ; serial, todays date + todays serial #
                        7200              ; refresh, seconds
                        540              ; retry, seconds
                        604800              ; expire, seconds
                        86400 )            ; minimum, seconds
;

chaye.ru. 3600 A        95.216.36.253
www 3600 A        95.216.36.253
mail.chaye.ru. 3600      CNAME        domain.mail.yandex.net.
chaye.ru. 3600      MX    10   mx.yandex.net.
mx 3600      MX    10   chaye.ru
chaye.ru. 3600      NS        ns2.ks05.ru.
chaye.ru. 3600      NS        ns1.ks05.ru.
95.216.36.253.in-addr.arpa  3600      PTR        chaye.ru
chaye.ru. 3600      TXT        "v=spf1 ip4:95.216.36.253 ip4:95.216.104.125 include:_spf.yandex.net                                                                                                                                                                                                                          ~all"

К чему бы это

1. у вас есть логи запускадемона
2. удалите все сайты оставьте только чистый nginx убедитесь что все заработало. после этого вовращайте их на место можно просто постепенно можно выявлять принципиально ошибку.
3. что говорит configtest, 99% вы накосяцили с конфигом сайта
4. У вас апачь пытается запуститься на том же порту что и nginx

99% что дело не в самом сертификате
по сути nginx не видит бэкэнда а тут миллион вариантов.
нужны логи апачь и nginx

301 на новые урлы, но потеря будет окол 40% трафика
тут вы ничего не сделаете.
соответственно новая структура сайта войдет в индекс поднимится и через месяца 2 у вас пойдет прирост показателей.

hetzner - лучшее соотношение цена качество.
так же учтите что расстояние между францией и германией меньше чем между москвой и белгородом в несколько раз, там страны по 300 км в длину.
это тебе не чукотка.

вводные данные где, где системные ресурсы.
Где логи
Где конфиги?
тут знаете ли не телепаты живут

он установлен и апачу сообщили о том что нужно интерпретировать пхп или он сам должен догадаться?

никак, штатный механизм не умеет