Максим

Пишу полноценный ответ, как это должно быть в Symfony. Не пытайтесь переносить практики других фрейморков типо Yii и Laravel на Symfony, это разные продукты для разных целей.
В идеологии Symfony нет понятия хелпер как в Yii, ROR, Laravel. Вам необходимо объединить часто используемые функции в Service(называть это можно как угодно) по характеру функционала, поместить это в DI контейнер и инжектить в те классы в котором нужен этот сгруппированный функционал.
И задумайтесь, если у вас есть такие классы хелперы, которые используются направо и налево - значит вы промахнулись с архитектурным решением. Один класс одна обязанность. Понимание SOLID и практика поможет вам выйти на другой уровень объектного проектирования и разработки в целом.

Зачем вам interger? Зачем вам в конструктор передовать ID? Это DDD, вы работаете с объектами и их поведением, а не со свойствами объектов.
То есть

<?php
class Violation
{
    private $id;
    private $rules;
    public function __construct(ViolationID $vid, array $rules = []) {
        $this->id = $vid;
        $rules = $rules;
    }
    
    public function addRule(Rule $rule) {
        $this->rules[] = $rule;
        return $this;
    }

    public function deleteRule(Rule $rile)...
    public function getRules()...
    ...
}

class Rule
{
    private $id;
    private $violation;
    public function __construct(RuleID $rid, Violation $violation) {
        $this->id = $rid;
        $this->violation = $violation;
    }
    ...
}

Проблем с маппингом никаких быть не должно, приведу пример в yaml и рекомендую при использовании DDD и доктрины использовать external mapping.

Core\Violation:
  type: entity
  table: violation
  repositoryClass: InfrastructureBundle\Repository\PersistViolationRepository
  oneToMany:
    rules:
      cascade: [ "persist", "remove" ]
      targetEntity: Core\Rule
      mappedBy: violation
      orphanRemoval: true

Core\Rule:
  type: entity
  table: rule
  repositoryClass: InfrastructureBundle\Repository\PersistRuleRepository
  manyToOne:
    violation:
      targetEntity: Core\Violation
      inversedBy: rules
      joinColumn:
        name: violation_id
        referencedColumnName: id

UPD: Я плясал от того что одно нарушение содержит в себе несколько правил. Как я понял у вас наоборот, но сути это не меняет.

Очевидно AppBundle\Infrastructure\Persistence\ShipRepository не имплементит IShipRepository.