serso

Например:

class MyView extends JFrame {
    ...
    JButton button = new JButton();
    button.addMouseListener(new MouseAdapter() {
        public void mouseClicked(MouseEvent e) {
            Controller.getInstance().fireEvent(Events.OPEN_WINDOW);
        }
    });
    ...
}

В контроллере:

void fireEvent(Event event) {
    for (Listener listener: listeners) {
        listener.onEvent(event);
    }
}

Сам контроллер может быть event слушателем:

Controller implements Listener {
...
   void onEvent(Event event) {
        if ( event.equals(Events.OPEN_WINDOW) ) {
            // put here code for initializing and opening the window
            // NOTE: new window also can be listener of specific events
        }
    }
...
}

И работа с моделью:

 class MyView extends JFrame {
    ...
    JButton button = new JButton();
    button.addOnTextChangeListener(new TextChangeListener() {
        public void textChanged(TextChange e) {
            Controller.getInstance().fireEvent(new Event(Events.TEXT_CHANGE, e.getNewText()));
        }
    });
    ...
}   

Controller implements Listener {
...
   void onEvent(Event event) {
        if ( event.equals(Events.TEXT_CHANGE) ) {
            // find and update the module
            getTextContainer().setText(event.getData());
        }
    }
...
}

Естественно, TextChangeListener придуман для упрощения понимания, не знаю есть ли такой в Swing'e

Пожалуй начну жёсткую критику:
1. Проект под мавеном — это хорошо, но плохо что он не поддерживает
стандартную структуру каталогов проекта
2. Config.parseConfiguration() — зачем самомоу парсить? Для этого есть уже написанные библиотеки типа Commons CLI для работы с коммандной строкой и Commons Configuration для хранения настроек (естественно, это можно заменить на что-нибудь другое но посыл, я думаю, понятен)
3. Java code conventions нужно поддерживать — название класса isCloneable, имя пакета parserHandlers и

private List<SuiteResult> _results;

не есть хорошо
4.

if ( ... && command != -2)

— это ад. Что значит константа -2?
5. Нет такого слова Formater, нужно Formatter
6.

stringBuilder.append("[" + result.getTestSuiteName() + "]\r\n")

— используете StringBuilder и зачем-то конкатенируете строки
7.

if (Config.isRunnable() == false)

— так не пишут, используйте операцию отрицания.
8. Вместо ParserHelper и статичных методов опишите интерфейс — мало ли откуда входные данные придётся парсить (Естественно, в качестве дефолтной реализации используйте свой код для парсинга из xml)
9.

 public Command[] getCommands() {
        return commands.toArray(new Command[commands.size()]);
    }

— почему бы список не возвращать? Вам действительно где-то нужен массив?
10.

                    } catch (CloneNotSupportedException ex) {

— выбрасывние CloneNotSupportedException — ошибра разработчиков java, с своих классах рекомендуется убирать из сигнатуры.

Я думаю остановлюсь на этом. В плане архитектуры настоятельно рекомендую глянуть как реализована, например, библиотека jUnit

На сколько я понимаю проблему — вам достаточно одной аннотации, типа:

public @interface ClassReference {
	Class<?>[] values();
}

Тогда можно связать один класс с N классами:
1. Если в values указан 1 класс и у этого класса стоит «обратная» аннотация на этот класс — 1 к 1
2. Если в values указано N классов и у них у всех «обратная» аннотация на этот класс — 1 к N
3. Если в values указано N классов и у них в свою очередь указаны связки к другим классам — N к M

PS Если это не решение, то уточните вопрос.