Сергей

help.yandex.ru/webmaster/?id=1111670 и плюс только что на хабре пост от яндекса на эту тему habrahabr.ru/company/yandex/blog/105370/

Начни с VirtualBox если что то не будет устраивать то тогда стоит думать о чем то другом

Вряд-ли есть хоть какая то ощутимая разница. С какой ОС больше знакомы и какую лучше умеете тюнить, ту и ставьте. Тут важнее повыкидывать лишние расширения PHP, точно подрегулировать кол-во процессов php-fpm решить будет это работать через биндинг к порту или UNIX сокеты и т.п.

У вас в clio.su/test.php в самом начале Loaded Configuration File - (none). В вашем случае, судя по тому что и там и там опция Configuration File (php.ini) Path - /usr/local/etc то fastcgi процессу не хватает прав на чтение файла /usr/local/etc/php.ini

Стоит еще учесть, в зависимости от ОС. В Ubuntu например отдельные конфиги PHP для запуска из под Apache, Cli и CGI. т.е. в папке /etc/php5/ есть подпапки cli/ apache/ cgi/ в каждой свой php.ini и загружается соответственно из той папки, каким образом запускаем php
Вообще причем здесь апач не понял.

Не совсем в тему, но делали сбор статистики в мемкеш у нагруженной тизерной сети. Раньше данные писались в memory таблицу с Insert Delayed и затем агрегировались раз в минуту, сейчас вместо memory таблицы мемкеш. Работает заметно шустрее и нагрузка пониже.
Но агрегированные данные все равно в MySQL

Кстати, а вот и ненавистный хабрапарсер: jevix.ru/project/

Не, реально wb.mysql.com/ mysql Workbench вполне юзабельная штука. Заточен под мускуль, есть кодогенерация, автоматическая генерация Alter скриптов

Redmine без вариантов)
Нет, серьезно — отличный дизайн, интеграция с кучей VCS (Git, SVN etc), вложенные проекты, REST интерфейс есть, разделение прав.