sergski

смотрите, что издают oreilly и abookapart.
grid, flex, svg, анимация, трансформация
а лучший справичник -- MDN web

Задайте всем точкам id по шаблону, например, первая цифра -- уникальность магазина, вторая -- порядковый номер точки у этого магазина. Те если у магазина 3 точки, то соответственно id="shop11", id="shop12", id="shop13". А дальше по клику получаете содержимое id, находите соответствующее этому магазину окно с инфой (shop1) и выводите его.

задайте для

.icon-home {text-indent: -1000px;
    overflow: hidden;}

и верните в него вывод Home

у вас уже все написано, просто добавьте строчку внизу refresh();

например так, но нужно уже не бояться гридов

SublimeCodeIntel

<a href="http://hainantravel.me/maps/hainan_map.html?dadunhgai&yalongbay&h_y">ссылка</a>

var q = window.location.search;
var arr = q.slice(1).split('&');
var i = document.querySelectorAll('input[type="checkbox"]');

i.forEach(function(a) {
    arr.forEach(function(b) {
        var v = a.getAttribute('value');
        if(v == b) {
            a.checked = true;
        }
    });
});

3d эффект можно, а вот овальную тень от прямоугольника никак)
что можно сделать

Сейчас это справедливо для float, когда его используют для верстки лейаутов, очень распространенный прием. А вот flex нет, наоборот. В паре с родственным grid это ближайшее будущее веб. Так получилось, что в css небыло предназначенного инструмента для верстки блоками и чтобы как-то с этим жить разработчики напридумывали наборы приемов/хаков, как это все обойти.
Читайте лучше Рейчел Андрю, Джен Симмонс, Smashingmagazine и тп.
ps. да, это передний край и все такое, вопрос использования — холиварный, но забейте и как учите grid/flex и начинайте аккуратно использовать, уже опубликовано достаточно статей, как начинать делать реальные проекты с ними. Тем более вы «начинающий верстальщик» — так учите лучшее!

Посмотрите jPlayer, вот пример

У вас будет именно этот json?
Преобразуйте в строку в формат JSON с помощью JSON.stringify, потом преобразуйте в объект с помощью JSON.parse и выбирайте из него нужные значения. Далее выводите значение на страницу.

Как то так