Ударит. Все что вы таким образом будете делать с помощью Vue, будет невидимым для поисковиков.
UPD. Вы не сможете использовать ssr, nuxt и тп, как советуют, если хотите использовать Vue для отдельных частей страницы.
И насколько хорошей\плохой практикой будет использовать Vue в качестве вспомогательного средства, а не для создания полноценного SPA?
Очень хорошая практика. Например, если у вас существующий интернет магазин с десятками фильтров, котрые между собой связаны. Реализация таких фильтров на jQuery или чистом JS - это ад. Тут можно и нужно брать Vue и переписывать только кусок с фильтрами, потому что используя реактивность, разрабатывать такие сложные взаимозависимые вещи, как фильтры, одно удовольствие.
