oberontrik, Tomcat можно настроить так, чтобы он запрашивал http- или form-аутентификацию, а полученные имя пользователя и пароль сверял с данными из БД.
Дмитрий, в этом случае надо хорошенько проанализировать ваш сценарий использования Mercurial. Очень похоже, что вы что-то делаете неправильно. При коммите можно игнорировать новые изменения определённых файлов, перечислив их в ключах -X: hg com -X info.php -X someotherfile.txt
Но это костыль.