Все оказалось намного проще! Выделил все файлы в папке 1, копировал в папку 2 с заменой, все замененные файлы оказались выделенными после копирования, сделал вырезать и вставил в папку 3. В папке 2 остались необработанный файлы!
Всем спасибо за варианты!
