seostat

запретить в конфиге веб-сервера отображение сайта по ссылкам, которые вам неугодны.
поскольку это хостинг, видимо, следует обратиться к поддержке хостера.

Far manager -> F11 -> Advanced compare

Или взять утилиту Beyond Compare и сравнить папки ей

Написать batch-скрипт, в котором через цикл FOR вы пройдете по всем исходным файлам, проверяя несуществование файла с таким же именем в целевой папке и если он не существует, записывая его имя в log-файл.
Делается одной строкой.

Припаркуйте их не на сервер, а на какой-нибудь хранилище вроде AWS s3 и иже с ним) никаких серверов и гемороев