Использование двух ssl на одном домене?

Создайте отдельный поддомен для Let's Encrypt :
en.example.com — для международной аудитории с Let's Encrypt
example.com — для российской аудитории с сертификатом Минцифры
Плюс скрип перебрасывающий если язык браузера английский на поддомен
Настройка веб-сервера Apache

<VirtualHost *:443>
    ServerName example.com
    SSLEngine on
    SSLCertificateFile /etc/letsencrypt/live/example.com/fullchain.pem
    SSLCertificateKeyFile /etc/letsencrypt/live/example.com/privkey.pem
</VirtualHost>

<VirtualHost *:443>
    ServerName ru.example.com
    SSLEngine on
    SSLCertificateFile /path/to/mintsifry-cert.pem
    SSLCertificateKeyFile /path/to/mintsifry-key.pem
</VirtualHost>