Микрософт ВанНот - удобная организация документов, можно визуально выделить, можно даже порисовать.
Разбиваешь паки на проекты, есть разная вложенность. И строчишь туда себе, хоть сутра до вечера.

Дела, списки, теги - всё есть. Ещё бесплатно, само всё синхронизируется, работает на разных устройствах.

У меня стоит на ПК, Макбуке, Виндофоне, Айподе...

Мне почему-то кажется, что это больше бизнесовая задача, чем сеошная.
Ну сделают тебе аудит, даже бесплатно, такое вполне возможно. А дальше что?
У тебя на руках будет список действий, которые надо над сайтом совершить. Они будут требовать вложений: времени, сил, денег, знаний, компетенций. Есть готовность вкладывать?
Иными словами вопрос в том, сколько готов вкладывать в сайт? Есть ли время свободное этим заниматься? На какую отдачу и когда рассчитываешь? Надо сесть и спокойно посчитать. Иногда так бывает, что проще продать по рыночной цене сайт, потому что впереди работы много, а отдача будет когда ещё...
Отвечаю так, потому что сам много раз был в такой ситуации...