Проблема была в том, что мастер значение mbstring.func_overload = 2, из-за этого неправильно указывался заголовок Content-Length и запрос в юкассу обрезался. Подробнее в комментариях.
Логи по платежным системам в битриксе можно смотреть в таблице b_sale_pay_system_err_log. Если установить опцию через консоль будут записываться логи уровня debug
\Bitrix\Main\Config\Option::set('sale', 'pay_system_log_level', 0);
