1) Для этого нужна init система, и, желательно, какой-то супервизор, который будет следить за падениями и поднимать всё в случае чего, рекомендую
https://github.com/phusion/baseimage-docker как проверенное решение с хорошей документацией (настоятельно рекомендую ознакомиться, там всё написано)
2) Docker поощряет запуск одного сервиса в одном контейнере, потом можете линковать один к другому, например, чтобы получить доступ к MySQL из контейнера где уже есть Apache2+mod_php (илли что там у вас), для этого есть официальные контейнеры:
https://registry.hub.docker.com/_/php/ https://registry.hub.docker.com/_/mysql/ (или MariaDB как альтернатива
https://registry.hub.docker.com/_/mariadb/)
Пользуясь случаем рекомендую глянуть на
https://github.com/nazar-pc/docker-webserver - легкий в использовании набор контейнеров для PHP (или просто статики) с конфигом, легким резервным копированием/восстановлением и обновлением.