Обычно конфигурация компьютера имеет приоритет, но надо смотреть описание конкретной политики.
Этот параметр политики присутствует в папках «Конфигурация компьютера» и «Конфигурация пользователя». Если заданы оба параметра политики, параметр, заданный в папке «Конфигурация компьютера», имеет преимущество перед параметром в папке «Конфигурация пользователя».
Note: This setting appears in the Computer Configuration and User Configuration folders. If both settings are configured, the setting in Computer Configuration takes precedence over the setting in User Configuration.
Но в любом случае всё зависит от конечной программы, обрабатывающей политику.