В Nginx или апаче ставите переменную website основанную на GeoIP
эту переменную используете в index.php для загрузки нужно магазина

$website = isset($_SERVER['WEBSITE']) ? $_SERVER['WEBSITE'] : '';
Mage::run($website , 'website');

посмотрите в сторону magento magento.com

Из всего что я видел это лучшая по качеству кода, базовому функционалу и возможностям для расширяемости.

Все зависит от того что умеет бухгалтерская система с которой нужно интегрироватья.
Варианты есть следующие:
1. Найти готовый модуль для интеграции с вашей системой (если такой модуль существует - это самый дешевый вариант.)
2. Разработать модуль для интеграции с вашей системой. (этот вариант будет на много дороже.)

<IfModule mod_rewrite.c>
    RewriteEngine on
    RewriteRule ^products/(.*) /products?page=$1 [L]
</IfModule>