Определитесь сначала с какой системой вы собираетесь работать.
1С со всеми CMS интегрируется, для всех есть свои модули.
В вашем вопросе слишком мало конкретики, можно было описать одним предложением "Хочу программу и сайт для магазина, чо мне делать дальше?"