mysql:
  environment:
    MYSQL_DATABASE: marzban
+   TZ: Europe/Moscow

HTML - язык разметки, никакие значения он не меняет

Добавить в settings.json
"editor.stickyScroll.enabled": false

Поскольку файлы уже отслеживались и есть в git, недостаточно добавить их в .gitignore, помимо этого нужно удалить их из git

git rm --cached index.html

Если сайт хостится через GitHub Pages, то как раз index.html из репозитория и считывается для этого. Если удалить index.html, никакой сайт никто не увидит. Хотите сделать сайт с закрытым кодом - храните код в приватном репозитории и показывайте через платный хостинг.

1. Клонируешь проект из исходного репозитория

git clone <ссылка на старый>

2. Переходишь в склонированный репозиторий и добавляешь новый удаленный репозиторий

git remote add copy <ссылка на новый>

3, Пушишь коммиты в новый репозиторий (выше в команде я назвал его copy)

git push --all copy