Моя позиция, которая меня не раз выручала - если позволяют размеры - то лучше хранить всё. Я даже делал в отдельную таблицу запись кто удалил данные(потому что обычно автоматом пишется user_id того кто изменил данные, а если удалил - то и записи не оставалось кто именно удалил). Пару раз ставил на место особо хитро*опых, которые думали что если данные удалить, то потом никто и не узнает кто послал на удаление.

Существующий код подвязан на количество столбцов.

во первых потихоньку переписать код, который ссылается на номер столбца на код который будет ссылаться на название столбца. Но это можно сделать и потом.
во вторых проверить все ТУПЫЕ запросы типа
select * from table1
union
select * from table2
и переписать их в вид
select id, name... from table1
union
select id, name... from table2
и только потом добавлять столбец, он должен добавиться последним(если через консоль писать alter table, через графический редактор может столбец влезать и не последним). Лучше конечно заранее подготовиться, сделать копию таблицы, выбрать время в которое никто не работает с этой таблицей, менять и самому тестить(например в 11 вечера). А также заранее предупредить всех пользователей(если это внутренний проект и вообще пользователей можно предупредить), чтобы они в случае чего сразу писали. Правда они могут оборзеть и писать что у них чайник в коридоре стал долго воду кипятить и скорее всего это всё из-за вашего "чего то там новенького", но зато если реально из-за вас что нибудь "упадёт", то хотя бы вы сразу это исправите и меньше шансов что получите пилюлю.