Существующий код подвязан на количество столбцов.
во первых потихоньку переписать код, который ссылается на номер столбца на код который будет ссылаться на название столбца. Но это можно сделать и потом.
во вторых проверить все ТУПЫЕ запросы типа
select * from table1
union
select * from table2
и переписать их в вид
select id, name... from table1
union
select id, name... from table2
и только потом добавлять столбец, он должен добавиться последним(если через консоль писать alter table, через графический редактор может столбец влезать и не последним). Лучше конечно заранее подготовиться, сделать копию таблицы, выбрать время в которое никто не работает с этой таблицей, менять и самому тестить(например в 11 вечера). А также заранее предупредить всех пользователей(если это внутренний проект и вообще пользователей можно предупредить), чтобы они в случае чего сразу писали. Правда они могут оборзеть и писать что у них чайник в коридоре стал долго воду кипятить и скорее всего это всё из-за вашего "чего то там новенького", но зато если реально из-за вас что нибудь "упадёт", то хотя бы вы сразу это исправите и меньше шансов что получите пилюлю.