Сделайте регламент и укажите на портале часы, когда работник должен открыть рабочий день. Затем проверяйте его длительность.
Если сотрудник не начал рабочий день - не учитывайте его при расчет ЗП - считайте как отгул, прогул и т.п.
Рабочий день может быть начат с другим временем, но в таком случае руководитель данного сотрудника должен подтвердить данные изменения.
Чисто программных методов от этого нет - иначе посыпятся агенты, внешние приложения и т.п.
