Например можно создать переменную, в которой будет хранится булево значение. Эта переменная будет указывать на то, срабатывал ли триггер клика на кнопке.
Это будет выглядеть примерно так
let clickOnButton = true;
$(window).on('scroll', function(){
if ($(this).scrollTop() >= 500 && clickOnButton){
$('.departments__button').trigger('click');
clickOnButton = false;
}else if ($(this).scrollTop() < 500 && $(this).scrollTop() > 150 ) {
clickOnButton = true;
}else if ($(this).scrollTop() <= 150 && clickOnButton) {
$('.departments__button').trigger('click');
clickOnButton = false;
}
})
