Задача стоит удалять каталоги в /var/www/project1 старше 1 дня, но моложе 3, оставляя при этом последний по времени каталог
Почему "все каталоги в /var/www"?
Какие "порты"?
По идее в старой конфигурации был 80й порт.
Или надо поднять nginx для старых сайтов на каком-нибудь 8888 порту и его прокинуть в прокси?