Сложно понять вопрос, но если вас интересует поведение:
поиск номенклатуры по УИНу проходит все циклы, однако поиск по ссылке пропускает поиск по циклам и сразу уходит в конец
То тут все просто - если по вашему условию в базе данных есть документы типа ОтчетОРозничныхПродажах, то они выберутся и по ним пойдет цикл; а если данных нет, то и цикла не будет.
ОтчетОРозничныхПродажах.Товары.Ссылка = &Ссылка
Упоминанием в условии вложенного подзапроса, вы усложняете работу планировщику запросов и результат может быть значительно медленнее чем классическое:
ОтчетОРозничныхПродажах.Ссылка = &Ссылка