Не удалось повторить описанное поведение, у меня артборды всегда на своих местах были.
Может, попробывать сохранять SVG через интерфейс экспорта? Получается ровно наоборот — не важно где артборд, в сохранённом файле он окажется аккурат вокруг объекта, а объект в центре монтажной области.
1. Готовим иконку, подгоняем размер, не важно где она находится, главное чтобы на монтажной области никаких других векторов кроме иконки не было.
2. Вместо обычного сохранения берём и экспортируем — File > Export > SVG (сняв галку с Use Artboards).
3. Настраиваем, дальше можно ОК (сохранится наш SVG), можно Show code (код откроется в текстовом редакторе).
4. Я выбрал второе, поэтому сохраняем в текстовом редакторе как SVG.
5. Открываем в Иллюстраторе — артборд строго вокруг объекта, объект в самом центре монтажной области.