Нафиг хранение ip пользователя.
Делайте сразу на основе WebRTC и проектируйте систему отталкиваясь от его возможностей. Тогда сможете в будущем без проблем сделать web клиенты которые тоже смогут использовать p2p.
Сервер же будет использоваться как прокси, когда оба (или если групповая переписка - все из группы) пользователя окажутся за непробиваемым NAT.
Естественно все передаваемые данные ассиметрично шифруем в любом случае.
