Удалить через шаблонизатор дубли здесь будет затруднительно, если это действительно нужно то лучше использовать обработку на этапе views, удалив дубли или выводя статьи через шаблонный тег, в коде которого проверять на совпадения.

Архитектурная ошибка уже допущена на этапе проектирования url. {% url 'articles' article.slug article_page.slug %}. В любом случае будут дубли, т.к. адрес url будет /cat1/article /cat2/article/

Способов избавиться от них два:
1) Статьи отдельно, категории отдельно. /url/catalog/name /url/article/name
В этом случае даже если выводится одна статья несколько раз, url уникален
2) Одна главная категория, url на основании этой категории. Остальные категории второстепенные, отдельным списком.

Для чего два вложенных цикла сделали тоже не очень понятно, обычно один цикл и url на основе запроса данных из таблицы по ключу.