Sergey

Удалось самому решить задачу, через реестр :)
Смысл такой, правим параметры реестра после этого дергаем gpupdate с ключом /force

Приведу код решения моей задачи.
Задача: на время запуска mstsc необходимо запретить пользователю выключать компьютер пока он не закроет mstsc.
Решение:
add.reg

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer]
"NoClose"=-

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer]
"NoClose"=-

remove.reg

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer]
"NoClose"=dword:00000001

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer]
"NoClose"=-

test.bat

@echo off
echo Wait please. Program is loading...
start /wait regedit.exe /s %~dp0remove.reg
start /wait /min gpupdate /force
cls
echo Program started. You can work.
start /wait mstsc.exe
cls
echo Wait please. Program is closing...
start /wait regedit.exe /s %~dp0add.reg
start /wait /min gpupdate /force

В своем случае я еще немного оптимизировал данное решение, генерирую reg файлы из bat скрипта, после того как они отработают удаляю их.
Поскольку если не запускать скрипт от имени администратора, он каждый раз при обращении к реестру будет выводить окно запроса, а постоянно нажимать на скрипт правой кнопкой и выбирать запуск от имени администатора не совсем удобно, то можно скомпилировать bat в exe файл. Я использовал www.f2ko.de/en/b2e.php (хотя может есть что по лучше). В данной утилите еще можно прицепить свою иконку.
На выходе получил exe файл с необходимой мне иконкой и размером ~30кб.