Наиболее простой вариант - rpi+arduino+прошивка grbl+драйверы для шаговых двигателей+шаговые двигатели
Тип двигателей зависит от размеров стола, инструмента и линейных модулей, которые будут использоваться в системе. Проще найти готовый проект станка и добавить к нему электронику.
Если на hdd нет ничего важного, отформатируйте его в ntfs, или удалите все разделы. Возможно, на всех дисках все разделы ext3(ext4,etc) и windows их не видит. Хотя, вря тли, по идее windows должна увидеть диски и предложить их отформатировать.
