Имхо, есть ещё малая вероятность, что могут влиять какие-нибудь глюки со звуковой системой, но если в других приложениях они не наблюдаются, я бы грешил на кодеки и, мб, на настройки сети.
Хотя в вашем случае и вариант с кодеками тоже не так вероятен, ибо вы используете x-lite в обоих системах.
Чисто из любопытства можно даже поставить приоритет voip приложения выше обычного, хотя этот вариант бы помог только если система сильно нагружена.