Если тема предполагает обновления, то Ваши изменения затрутся при следующем её обновлении.
Поэтому, если стилей хотите добавить немного, то можно воспользоваться разделом админ-панели Внешний вид -> Настроить -> Дополнительные стили.
Если изменения масштабные, в том числе с переопределением шаблонов, то стоит смотреть в сторону
дочерних тем. Для упрощения работы с дочерними темами можно воспользоваться готовыми плагинами, например,
Child Theme Configurator.
В то же время, если тема самописная или выполнена на заказ, т.е. не предполагает массовых обновлений — Вы можете вносить изменения напрямую в файлы темы.