res2001

На сервере какая сборка гита у вас стоит? Есть варианты и могут быть нюансы при задании урла.

Попробуйте варианты:
ssh://user@server/d/git/repo.git
ssh://user@server:/d/git/repo.git
ssh://user@server:d/git/repo.git
ssh://user@server/d:/git/repo.git
По формату URL тут подробней.

У меня на гит на сервере из состава msys2 работает первый вариант URL.
На сколько помню на "Git for Windows" работает последний.

Кстати, я не так давно настраивал гит сервер на винде. По ssh так и не получилось завести - любая операция заканчивалась ошибкой. Грешу на плохой канал - сервер у черта на куличках, да еще и через ВПН, скорость не фантан, задержка при передаче приличная. Но сам ВПН работал, ssh то же, а гит отказывался. Пришлось поднять на сервере git-daemon и работать через протокол git, а не ssh.

Нужно настроить сервер ssh, чтоб гит мог подключаться к репозиторию по ssh.

Использую git, установленный в окружение msys2/mingw. Работает и в cmd и в bash.

Наверное потому, что в git консоли нет команды tree. Это же не полноценная линукс система, там очень небольшое количество стандартных утилит.
Если сильно нужно, то вместо git консоли используйте msys2, туда кстати и git клиент можно поставить и использовать вместо git-консоли.