Под винду лучше всего MSVS и микросовтовский компилятор, но, как верно заметил
Дмитрий Золотарев, у микрософтовского компилятора проблемы с поддержкой современных стандартов. Точнее Микросовт в принципе не заявлял о поддержке стандартов Си (может быть ANSI C, но я не уверен).
В принципе, если вы пишите исключительно под винду, то на это можно не обращать внимания - поддержки нет только для каких-то вещей, которые микрософт считает не нужным поддерживать, например VLA, многопоточность. Большая часть Сишного кода вполне нормально собирается микросовтовским компилятором.
Так же можно использовать IDE qtcreator. Компилятором к нему может быть тот же микросовтоский из состава MSVS или mingw. В этом случае я бы все таки так же использовал компилятор от микрософта, т.к. он дает более компактный и быстрый код, имхо. Микрософтовский компиялтор, кстати, можно поставить отдельно, без студии, называется Microsoft Build Tools ищите на сайте микрософта.