Проблема в том, что скрипт слишком долго выполняется, убивается по таймауту и происходит ошибка 504 Gateway Time-out. Они на одной базе все работают?
Запрос идёт на index, тот подтягивает остальные файлы и уже какой-то из них долго работает, но лог понятно показывает что index. Включите log_slow_queries настройку, наверняка где ни будь индексов нет, или какой ни будь агрегатный запрос неправильно составлен что выбирает всё без лимита.
