для закачки файлов, особенно в массом порядке а также ими управление лучше подходит ftp. Протокол специально для этого и создан.
Для скачивания файлов лучше подходит протокол http. Если предполагается предоставлять доступ на скачивание всем, то безопасней для хостера именно http. В протоколе не предусмотрено управление и изменение файлов., что намного безопаснее ftp.
Хоть оба протокола открыты, а требуется передавать секретные данные (не для всех), то можно воспользоваться их шифрованными аналогами sftp и https.
