мой редактор (geany) скажет, что файл изменился локально и предложит его обновить. когда разработчиков тысячи (утрирую), это парализует работу. согласен, гит позволяет работать по такой схеме (скорее, не запрещает), но я не видел ее ни в одном мануале как рекомендуемую. еще один довод в пользу bare — когда надо юзать одни хуки при коммите в «центральный» репозиторий, а другие на локальном. в любом случае, используя общепринятую схему, у тебя инфраструктура гибче.
добавьте в конфиг репы:
взято отсюда