Если подразумевается простой INNER JOIN, то разницы никакой нет. Если же будут использоваться LEFT JOIN и RIGHT JOIN, то конечно разница имеется.
Например SELECT * FROM cars LEFT JOIN racers_cars и SELECT * FROM racers_cars LEFT JOIN cars
дадут разные результаты, потому что таблицы СЛЕВА отличаются
Почитайте про JOIN-ы и станет понятнее где и что использовать
