rPman

Торренты с разной последовательностью файлов — разные торренты, имена файлов хранятся в торрент-файле и на сколько я знаю в идентификации не участвуют, но кажется клиенты 'по ошибке' считают такие торренты разными.

Чем сильнее разбиваете коллекцию на торренты тем лучше! никто не будет грузить огромный торент файл ради одной песенки, и искать его будет проще — если будет по торнту на фильм/альбом/сезон сериала/сборник. если пользоваться симлинками, можно одни и те же файлы в разных торрентах разместить.

Не нужно ЗАПРЕЩАТЬ! сначала предоставьте народу разумную альтернативу!

Как я понимаю ваш сервер (если его нет, лучше поставьте любую фигню, хоть на mini-itx от 1.2р плата + память + БП + корпус хоть из картона)?
Установите на сервер торрент клиент и дайте народу доступ к его вебморде! вроде есть к rtorrent такие, что даже многопользовательский доступ с ограничениями предоставляет, в крайнем случае это меньшее из зол, если все будут видеть и рулить общим списком торрентов.