VeraCrypt - это шифрование 'на лету', это значит работать с файлами будете так, будто это обычный каталог, и любые программы будут получать к файлам как обычно.
Запароленый архив - это когда для доступа к файлу его приходится извлекать, копировать во временный каталог, и уже тогда открывать. Это происходит автоматически когда вы например нажимаете дважды на файле в gui архиватора, а когда программа просмотра закроется - временный файл удаляется.
Неудобство начинается сразу - например, в программе просмотра вы можете переходить к следующему файлу просто нажав на стрелочку вправо/влево, так вот в случае с архивом приложение для просмотра файлов будет пытаться искать следующие файлы во временном каталоге и их там не будет, нужно будет закрыть приложение и открыть новый файл из архива.
Да можно перед просмотром сразу распаковывать несколько файлов, но это действие придется делать вручную, или как то обозначать ваше желание это сделать.
А еще когда извлекаются файлы из архива во временный каталог, а потом удаляются - след от файла остается в файловой системе, при должном везении и использовании специальных программ можно извлечь не только имя этого файла но и даже сам файл, полностью или частично.
В некоторых случаях кейлогерам, специальным вирусным программам для записи всех нажатых клавиш (например в windows такой идет по умолчанию для сбора телеметрии, сохраняет все нажатия на клавиатуре в спец файл, был недавно 'скандал', он не зашифрован) проще получить пароль который вы вводили в архиватор чем в специализированное приложение для шифрования данных, которое возможно делает какие то попытки по предотвращению кражи этого пароля (например использование OTP или смарткарты).