Если оригинальный скрипт не сохранил идентификатор таймера, возвращаемого при иннициализации, то никак. Официального способа перечислить запущенные таймеры нет, кроме как переопределить setInterval ДО вызова на свою функцию.
Если повезет, можно найти в вызываемом скрипте условие, при котором он завершится с ошибкой или будет работать вхолостую (удалить используемый DOM объект например).