qxfusion

Какая у Вас видеокарта? На практике видел проблему что драйвер видеокарты иногда перезагружал систему из-за перегретого GPU. Поэтому сначала нужно определить источник проблемы — софт или хард.

Тут явно видна просадка дисковой подсистемы — для сервера который Вы указали можно установить.

Дисковая подсистема:
(1) 2 x FusionIO ioDrive 160GB PCI-E — в режиме увеличенной производительности (доступная емкость будет уменьшена в 2 раза до 80GB) — соединив в soft RAID0 (по цене это будет где-то 2 x 2-2.5k$) (по IOPS подойдут для обоих баз)
(2) 3 x SCSI 146GB RAID5 — бэкап с FusionIO
(3) 2 x SAS 10k 300GB — для системы

Память:
увеличить размер памяти до 48GB 12x4GB

По поводу конфигурации нового сервера — то порекомендовал бы HP DL серия Gen8 исходя уже из оставшегося бюджета

возможно — можно подключить через Wireless USB — дорого, но модно :)
а если серьезно — то лучше использовать
1) роутер в качестве моста (если есть порт USB)
2) RaspPI model B (USB для диска + Ethernet под сеть) — самый бюджетный
3) самому собрать NAS (от 300$ x86, от от 125$ ARM)