Я бы задачу разделил на 2 части:
1-я. Проверка элемента на наличие 2-х нулей в записи.
2-я. Если 1-я да, то тупо поиск максимального.
Вторая часть вообще не проблема.
В С я плохо рублю, поэтому уж сами выбирайте что легче переводить число в текстовую форму и искать там сперва 1 сивол "0", если находится удалять его, и затем искать второй символ "0", далее п2.
Или же тупо проверять остаток от деления на 10, если 0, то количество нулей +1 пока целое от деления не 0 или количество 0 меньше 2
В конце проверять, кол-во нулей, если 2 смотри п2.
Хотя если я правильно понимаю A[i, j] = rnd.Next(-100, 100) (это случайное от -100 до 100) то вам просто достаточно проверять числа на равенство -100 и 100, других чисел в данном диапазон с 2 нулями просто нет =).