Вполне возможно, что проблемы из за неправильно настроенных MX записей и привязки домена к Яндекс ПДД.
Почтовый сервер получателя сравнивает IP адрес сервера, с которого он получил письмо и IP адрес, разрешенный вашими SPF и MX записями. Если он не совпадает, вероятнее всего письмо попадет в спам.
Не думали про использование сервисов для рассылок? Они снижают вероятность попадания писем в спам, при соблюдении вами требований к рассылкам.
