На самом деле, рефакторинг - это неотъемлемый элемент процесса разработки. Без него никак. На поздних этапах обязательно всплывают неучтенные подробности. К тому же сам разработчик развивается и стремится улучшить то, что было написано несколькими месяцами ранее.
Но если в рамках рефакторинга программист коммитет больше 20 файлов за раз, то есть вариант что он не видит всей картины, поэтому пилит "супергибкую архитектуру". В этом случае, можно сесть вместе с разработчиком и составить майндмеп всех элементов будущей системы и связей между ними. Это будет полезно как для разработчика, так и для менеджера проекта.
