В общем, что я сделал:
ранее программа лежала в одной папке в .local/dir и запускалась через ярлык, где - Exec=python3 filepath
теперь она находится "как и надо", в папках, etc, usr/bin , usr/share.. и запускается просто - Exec=program_name
внутри у скрипта #!/usr/bin/python3
и устанавливается через dpkg, я сделал .deb (я не знаю влияет ли это как то на мой вопрос)
строку ""StartupWMClass=" , я добавил, хотя теперь и без нее работает. xproc выдает - "program_name", "program_name"
Спасибо, всем кто откликнулся. Решением ставить не буду, так как я не понимаю почему все получилось.