Виктор

Если это мелкий бот, который не будет развиваться дальше, скорее нет. Если планируешь сделать его публичным (разместить на хостинг), то профит явно есть. Выкладывать на хостинг через ftp - это что-то на древнем) Сейчас все используют подход через Git, это дает:
- легко выложить код на сервер. Некоторые платформы дают возможность подключать Git и пушить код сразу из него.
- в этом случае обновляя проект в Git он автоматически будет обновлен на хостинге
- сможешь откатывать неудачные версии
У меня вот есть пару ботов, код которых лежит на Github, и настроен деплой на Dockhost.ru. После внесения изменений код автоматически сам там разворачивается.
почитай про git (инструкций в интернете полно), там ничего сложного, рано или поздно пригодится.

Вариантов это сделать - 2.

1) Если у Вас файлы маленькие - можно просто читать их из php скрипта и отдавать.
Перед этим можно проверять имеет ли право текущий пользователь скачивать этот файл.
Что то вроде

$content = file_get_contents('/path/to/file/in/private/dir/filename');

	header('Content-Description: File Transfer');
	header('Content-Type: application/octet-stream');
	header('Content-Disposition: attachment; filename="'.$file_info->title.'"');
	header('Content-Transfer-Encoding: binary');
	header('Expires: 0');
	header('Cache-Control: must-revalidate');
	header('Pragma: public');
	header('Content-Length: ' . strlen($content));
	echo ($content);

Плюс то что не требуется никакой дополнительной настройки, не зависит от ПО сервера, минус то что это решение жрет память т.к файл целиком грузится в php, жрет время бекенда т.к php скрипт работает пока не закончится загрузка.
В целом это решение я использовать не рекомендую.

2) Использовать nginx и директиву X-Accel-Redirect.
В конфиге nginx

location /protected/ {
	root /www/mysite.com/;
	rewrite ^/protected/(.*)$ /$1 break;
	internal;
  }

В php коде соответственно

header('Content-Description: File Transfer');
	header('Content-Type: application/octet-stream');
	header('Content-Disposition: attachment; filename="'.$file_info->title.'"');
	header('Content-Transfer-Encoding: binary');
	header('Expires: 0');
	header('Cache-Control: must-revalidate');
	header('Pragma: public');
	
	header('X-Accel-Redirect: /protected'. $file_info->file);

Решение отличное, быстрое.