Использую mRemote. Умеет RDP, VNC, SSH, telnet и много всего. Строго говоря в случаи ssh является банальной оберткой к PuTTY, но умеет хранить пароли, и кучу конекций в виде дерева. Весьма удобен, жаль только проект закрыт.
На рабочем компе для ssh использую xShell, хорош абсолютно всем. Только не портабл, хотя может и есть такая версия — не искал.
