Не знаю, как там в ваших Мегапланах, а вот у нас для большинства разработчиков схема такая:
1) Создаем задачу с ограничением по времени выполнения. Время выполнения согласуется с исполнителем.
2) Раз в неделю и месяц собираем по каждому исполнителю диаграмму Ганта, на которую накладываем еще одну диаграмму, в которой отражаем фактическое положение дел по задачам исполнителя. Менеджер проекта обычно в курсе и в состоянии выявить необъективное завышение сроков решения задачи со стороны исполнителя.
3) Фактическое положение берем из репозитория проекта, фильтруя по исполнителю. Тут вам и даты, и внесенный в проект вклад в виде числа строчек кода. Да, приходится придерживаться неких правил именования коммитов и на каждую задачу создавать в начале ее решения "инициализирующий" коммит, но оно того стОит.
4) По различию в двух диаграммах определяем отклонение программиста от графика. За месяц работы (4 недельных среза) получаем максимально допустимое значение отклонения в большую сторону и в дальнейшем, при отсутствии объективных причин, за превышение этого значения штрафуем. Понятное дело, что за отклонение в меньшую сторону на какое-то значение выдаем премии.