Мой опыт по данному вопросу подсказывает, что структура папок не совсем эффективна: в реальном мире объекты возможно классифицировать по разным признакам (в Вашем случае — дата, название проекта, заказчик, тип — логотип, сайт и т.п.). Примите для себя организацию директорий, например, по проектам, но постоянно присваивайте файлам конкретный набор ключевых слов из различных классификаций. Далее при возникновении надобности в том или ином файле пользуйтесь поиском. Вот мы вкратце и описали суть тегов в применении к файловой структуре :-)
Думаю, возможности и программы для решения Вашей проблемы сейчас есть.
